
Benito, esclavo moreno y morador del rancho de Pachacamilla en Magdalena, atendía a las víctimas de una epidemia de fiebra amarilla, y enterraba a los muertos. Liberado por su amo, se puso a pintar una imagen de Jesús crucificado en la pared de su habitación.
Mientras pintaba, Benito tuvo visiones y escuchaba música celestial. Al terminar la pintura, murió. Su cadáver fue hallado intacto y sin mostrar signos de descomposición.
Desde el hallazgo del cuerpo incorrupto de su pintor, la muralla adquirió una reputación como objeto milagroso. Cuando el pueblo comenzó a venerar a la imagen, las autoridades ordenaron su destrucción. El primer obrero encargado de borrar la imagen fue echado al suelo cuando intentó comanzar su trabajo. El segundo obrero subió a su torno y enseguida sufrió una parálisis en el brazo.

Las autoridades tuvieron miedo y revocaron su orden. Se trasladó la imagen a una capilla. Después, cuando otros obreros levantaron la pared para colocarla en un altar, se quebraron las partes en donde estuvieron pintadas la Virgen y María Magdalena, quedando solo intacto el Señor. Por tantos hechos asombrosos, la imagen recibió el nombre del Señor de los Milagros.
El 13 de noviembre 1655 se produjo un terremoto en Lima que destruyó muchas iglesias de la ciudad. También se derrumbó el barrio de Pachacamilla. A pesar de la gran devastación, quedó intacta la Sagrada Imagen.
El 20 de octubre 1687 un maremoto destruyó el Callao. A la vez, un terremoto causó muchos daños en Lima, destruyendo la misma capilla en donde se guardaba la imagen. Solo se salvó el altar mayor con la imagen sagrada. Este día se levantó un una copía en lienzo de la milagrosa imagen y se realizó la primera procesión por el barrio de Pachacamilla.

El 28 de octubre 1746 un sismo sacudió Lima de nuevo, derribando la capilla otra vez. Sin embargo, la milagrosa imagen resulto ilesa. La procesión de aquel año era la mayor de toda la historia hasta entonces, y el culto al Señor de los Milagros aumentó hasta incluir a limeños de todas las razas y niveles sociales. Por tres días la muchedumbre lo paseaba hasta los Barrios Altos y otros extremos de la ciudad.
El virrey Amat y Juniet ordenó construir un nuevo templo para la imagen. Este fue inagurado el 20 de enero de 1776.
Una de las monjas encargadas de cuidar la imagen recibió en una visión el diseño del conocido hábito morado. En un principio, era solo para uso de las monjas, pero después la mayoría de los participantes de la procesión lo adaptaron por lo menos durante el tríduo de octubre.

La Hermandad se constituyó en 1878. Están organizados en 20 cuadrillas. Cada una de ellas recorre 300 metros en procesión.
Cada cuadrilla tiene un capataz o un subcapataz. Agrupada la cuadrilla que va a entrar en el turno, aguarda tres señales convenidas que da el capataz antes de entrar en acción. Primero que nada el capitaz advierte a los 24 hombres que componen la cuadrilla con la voz de: "¡Gente!". Cuando luego dice: "¡Armen!", los hermanos cargadores se agachan para colocar los hombros. Finalmente el capitaz toca la campanilla de plata y en ese momento, a un sólo golpe, los cargadores levantan el anda y se inicia de nuevo el recorrido.

Aparte de los cargadores hay: sahumadoras que manejan incensarios grandes delante de la procesión, músicos y cantoras que tocan marchas y himnos, un cerero que atiende las velas colocadas en el anda, un mixturero que coloca las flores en el anda, y por supuesto vendedores que ofrecen toda clase de comida y artículos religosos.
El culto al Señor de los Milagros es de carácter nacional. Hay un altar a la efigie del Señor de los Milagros en casi cada aldea de la República, y entre los que participan en la procesión anual o visitan la capilla en Lima hay muchos visitantes de otras partes del país. En las EEUU hay como diez hermandades reconocidas del Señor de los Milagros que realizan procesiones en Nueva York, Washington, etc.